在《黑客帝国2：重装上阵》中，主角NEO从意识到自己的使命开始，他的旅程转变为探寻真相和使命的过程。在救出墨菲斯并击败密探史密斯之后，他与翠尼蒂和战友一同回到锡安基地，人类最后的避难所。然而，矩阵并未坐视不理，派出了25万电子乌贼大军攻击基地，形势危急。